Kuyucak ilçesinin tabii bitki örtüsü Akdeniz ikliminin etkisiyle yükseltiye göre değişir. 0-600 metre arasında maki bitki topluluğu, 600-2200 metre arasında karışık orman örtüsü, 2200 metrenin üstünde dağ çayırlıkları yer alır. Maki bitki örtüsü kurak geçen yaz mevsiminin iklim şartlarına uymuşlardır. Bunların yaprakları, gövdeleri, cilalı ve dikenlidir. Bu bitki örtüsü içine çalılar, meşeler, kocayemiş, pırnar meşesi, zakkum, hayıt, şimşir, defne, delice zeytinler, yabani meyveler, mersin gibi bitkiler girer. Güneyinde bulunan karıncalı dağları ve kuzeydeki Aydın dağları gür çam ormanlarıyla kaplanmıştır. Kuyucak'ın ormanlarından elde edilen keresteler Kuyucak Orman İşletmesi Şefliği tarafından istif edilir ve piyasaya arz edilir. Kuyucak kültür bitki örtüsü bakımından da çok zengindir. bahar, yaz ve güz mevsimi boyunca ova yeşil bir halı gibidir. bağ ve bahçelerdeki ağaçları da genellikle incir, zeytin, narenciye, kavak, dut ve karaağaç teşkil eder.

Kuyucak'ın en büyük akarsuyu Büyükmenderes'dir. Dinar yakınlarından doğup Bafa gölünün batısındaki eski Milet şehrinin 30 km. ilerisinde Ege Denizi'ne dökülür. Büyükmenderes nehrinin Aydın ili sınırları içindeki uzunluğu 160 km. dir. 24000 km 2 havzaya yayılan bu ırmak saniyede 200 m 3 su taşır. Aynı zamanda beraberinde ovanın (mil) topraklarını da taşır. Nehrin çok alüvyon taşımasının sebebi, toprakların yumuşak, ovanın düzgün olması ve yan derelerin sellerle çok malzeme getirmesidir.

Büyükmenderes, Kuyucak ovasının can damarıdır. Verimli ova Menderes'in sularıyla sulanır. Ovayı sulamak için kuzey ve güney sahilinde sulama kanalı açılmıştır. Kuyucak ve çevresinde küçük dereler de vardır. Bunlar kışın akarak, Büyükmenderes nehrine ulaşırlar. En önemlileri; Kestel çayı, Horsunlu çayı, Feslek çayı, Kayran çayı, Şarabet çayı, Gireniz çayı, Kuyucak deresi ve Gencelli deresidir.